TÜSEB Projelerinin harcamaları aşağıdaki mevzuat çerçevesinde yapılmaktadır:
Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı Tarafından Desteklenen Projelerin Harcamalarının Gerçekleştirilmesine Dair Yönetmelik
4734 Sayılı Kamu İhale Kanununun 3 üncü Maddesinin (f) Bendi Kapsamında Yapılacak İhalelere İlişkin Esaslar
6245 Sayılı Harcırah Kanunu